海辺の美しい朱色の楼門をくぐると右手の小高いところに神の宮と正面には日沉宮(ひしずみのみや)があります。ここには神話で登場する二人の神様が祀られています。日沉宮では神話の最高神である天照大神(あまてらすおおみかみ)が祀られ、神の宮では天照大神の弟、出雲の地に最初に降り立ったとされる素戔嗚尊(すさのおのみこと)が祀られています。天照大神は太陽の神であり伊勢神宮で祀られていることが有名であり、伊勢神宮では日本の昼を守るのに対し、この日御碕神社は日本の夜を守るために建てらました。権現造の社殿や境内にある全ての建築物が国の重要文化財に指定されています。